La técnica ICSI se lleva a cabo en parejas afectadas por severas patologías masculinas. El criterio de selección de los pacientes es el siguiente:

· Precedentes ciclos de fecundación in vitro standard con bajísima o nula tasa de fertilización
· Reducido número de espermatozoides en el eyaculado (oligozoospermia)
· Reducido número de espermatozoides con movilidad progresiva en el eyaculado (astenozoospermia)
· Ausencia total de movilidad de los espermatozoides (necrozoospermia)
· Reducido número de espermatozoides con morfología normal (teratozoospermia)
· Presencia de anticuerpos antiespermatozoides en el líquido seminal (MAR test positivo)
· Casos de azoospermia obstructiva (como en los casos de ausencia congénita de los vasos deferentes y en los casos de obstrucción post-infecciosa de las vias seminales), y de azoospermia secretora cuando es posible recuperar los espermatozoides quirúrgicamente.

Esta técnica encuentra hoy indicaciones también en otros casos:

· En presencia de reserva ovárica reducida en la cuál se obtiene un número limitado de ovocitos después de la inducción del crecimiento folicular múltiple. La ICSI permite es estos casos reducir el riesgo de ausencia de fertilización ovocitaria
· En todos los casos de Diagnóstico Genético Preimplantacional en los que la presencia de espermatozoides adheridos al ovocito (consecuencia inevitable en el caso de la FIVET) podría interferir con el diagnóstico mismo, en cuanto podría ser analizado el material genético en exceso no derivado del mismo embrión.